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1987 entdeckte der berühmte Gelehrte Duccio Belgiorno die Höhlenkirche S. Nicolò Inferiore, eine Höhle, die als Räumungslokal genutzt wurde und drei Jahre später vom Centro Studi sulla Contea di Modica erworben wurde. Es gilt als die älteste Kirche von Modica: Es besteht aus einem einzigen Raum von etwa 45 Quadratmetern. mit einer Apsis, die mit Ikonen im byzantinischen Stil bedeckt ist, wo in zentraler Lage der Christus Pantokrator thront. Darüber hinaus haben Ausgrabungen noch weitgehend unerforschte Erdgräber ans Licht gebracht. Es handelt sich zweifellos um ein beredtes und gut erhaltenes Beispiel der byzantinischen Felsarchitektur, die nicht nur im Wafergebiet, sondern in ganz Sizilien wichtige Spuren hinterlassen hat.
Die untere Höhlenkirche St. Nikolaus befindet sich im unteren Teil der Stadt, in der Nähe eines Baches. Sein Bau stammt aus der Zeit eines Viertels, das sich außerhalb der Stadtmauern in der Nähe der Verkehrswege entwickelt hatte, die es mit der Küste verbanden. Aufgrund der Einstürze wurde sein Gelenk beschädigt, so dass es nicht mehr möglich ist, die ursprüngliche Tiefe des Eindringens zu bestimmen. Es ist eine einschiffige Kirche mit einem großen Apsis-Halbkreis, einem Triumphbogen und einem Höhenunterschied, der von zwei Stufen überwunden wird. Das Vorhandensein einer Ikonostase bestätigt, dass es sich um eine orientalische Kultkirche handelt, die wahrscheinlich einem kleinen Kern griechischen Ursprungs gehörte, der am Prozess der Christianisierung der Stadt teilnahm. Im Jahre 1577, wegen der Knappheit der Renten, wurde die kleine Kirche mit der Pfarrei von St. Peter verbunden. Die nächste Phase, nach dem Erdbeben von 1693, sah den Bau einer neuen gemauerten Kirche, bekannt als San Nicolella, die heute die Felsausgrabung schließt.