La chiesa di Santo Stefano ha un’origine molto antica (V secolo), ma la sua conformazione odierna si deve principalmente a un lungo cantiere del XII secolo, riconoscibile dal tipico paramento di corsi di laterizi alternati a pietra, poi adattato nei secoli a seguire. L’edificio sacro ha una tipica pianta simbolica a forma di croce. Il corpo delle tre navate sostenuto da arcate a tutto sesto incrocia il transetto formando un tiburio ottagonale (ovvero una torre innalzata tra le braccia dei volumi cruciformi). L’intero transetto è rialzato e “contiene” una cripta ad oratorio (forse già edificata nel XI secolo), contraddistinta da volte a crociera su colonne. La cripta è accessibile dalle navate minori. La zona d’altare, chiusa da un’abside semicircolare, si raggiunge tramite una scalinata dalla navata maggiore ed è caratterizzata da due corridoi sovrapposti (deambulatori), uno in servizio della cripta e una del presbiterio. Questa complessità architettonica rende Santo Stefano un caso unico nell’arte romanica di Verona.

Una delle addizioni principali alla chiesa medievale fu la Cappella degli Innocenti, commissionata dal parroco Giulio Varalli tra il 1618 e il 1621. Secondo la tradizione conserverebbe le reliquie di quattro bambini uccisi nella Strage degli innocenti voluta da re Erode. La cappella è un esempio di gusto barocco e si riconosce (anche in esterno) per la sua cupola. Le tele esposte sui tre altari tra gli stucchi decorativi sono dei tre protagonisti della pittura veronese del tempo: Pasquale Ottino, Marcantonio Bassetti e Alessandro Turchi, detto l’Orbetto.