La iglesia de Santo Stefano tiene un origen muy antiguo (siglo V), pero su conformación actual se debe principalmente a una larga obra del siglo XII, reconocible por el típico paramento de hileras de ladrillos alternados con piedra, que se adaptó en los siglos siguientes. El edificio sagrado tiene una típica planta simbólica en forma de cruz. El cuerpo de las tres naves sostenido por arcos de medio punto cruza el crucero formando un tiburio octogonal (es decir, una torre elevada entre los brazos de los volúmenes cruciformes). Todo el transepto está elevado y «contiene» una cripta de oratorio (quizás ya construida en el siglo XI), caracterizada por bóvedas de crucería sobre columnas. Se puede acceder a la cripta desde las naves menores. A la zona del altar, cerrada por un ábside semicircular, se accede a través de una escalinata desde la nave mayor y se caracteriza por dos corredores superpuestos (deambulatorios), uno al servicio de la cripta y otro del presbiterio. Esta complejidad arquitectónica hace de Santo Stefano un caso único en el arte románico de Verona.

Una de las principales adiciones a la iglesia medieval fue la Cappella degli Innocenti (capilla de los Inocentes), encargada por el párroco Giulio Varalli entre 1618 y 1621. Según la tradición, conservaría las reliquias de cuatro niños asesinados en la matanza de los inocentes ordenada por el rey Herodes. La capilla es un ejemplo de estilo barroco y se reconoce por su cúpula, visible también desde el exterior. Los lienzos expuestos en los tres altares entre los estucos decorativos son de los tres protagonistas de la pintura veronesa de la época: Pasquale Ottino, Marcantonio Bassetti y Alessandro Turchi, conocido como el Orbetto.