Die Kirche Santo Stefano hat einen sehr alten Ursprung (5. Jahrhundert), ihre heutige Form verdankt sie jedoch hauptsächlich einer langen Bauphase im 12. Jahrhundert. Erkennbar ist diese an der typischen Verkleidung aus abwechselnden Ziegel- und Steinreihen, die in den folgenden Jahrhunderten angepasst wurde. Das Sakralgebäude hat einen typischen symbolischen Grundriss in Form eines Kreuzes. Der von Rundbögen getragene, dreischiffige Hauptteil kreuzt das Querschiff und bildet einen achteckigen Turm, der zwischen den Armen des Kreuzes aufragt. Das gesamte Querschiff ist erhöht und „beherbergt“ eine Krypta mit Oratorium, die möglicherweise bereits im 11. Jahrhundert erbaut wurde und sich durch Kreuzgewölbe auf Säulen auszeichnet. Die Krypta ist von den Seitenschiffen aus zugänglich. Der Altarbereich, der von einer halbrunden Apsis abgeschlossen wird, ist über eine Treppe vom Hauptschiff aus zu erreichen. Er zeichnet sich durch zwei übereinanderliegende Korridore (Choren) aus, von denen einer der Krypta und einer dem Presbyterium dient. Diese architektonische Komplexität macht Santo Stefano zu einem einzigartigen Beispiel romanischer Kunst in Verona.

Eine der wichtigsten Ergänzungen der mittelalterlichen Kirche war die zwischen 1618 und 1621 vom Pfarrer Giulio Varalli in Auftrag gegebene Cappella degli Innocenti (Kapelle der Unschuldigen). Der Überlieferung zufolge werden hier die Reliquien von vier Kindern aufbewahrt, die bei dem von König Herodes angeordneten Kindermord getötet wurden. Die Kapelle ist ein Beispiel für den Barockstil und ist (auch von außen) an ihrer Kuppel zu erkennen. Die Gemälde, die zwischen den dekorativen Stuckarbeiten auf den drei Altären ausgestellt sind, stammen von den drei bedeutendsten Malern der damaligen Veroneser Schule: Pasquale Ottino, Marcantonio Bassetti und Alessandro Turchi, genannt l’Orbetto.