All’interno del Seminario sorge l’Archivio storico del Patriarcato di Venezia, che, fino al 2015, aveva sede un’ala del terzo piano dell’ex monastero benedettino dei Santi Felice e Fortunato di Ammiana. L’importanza di questo Archivio è fondamentale non solo per la storia della chiesa veneziana ma tutta la città lagunare.
