Il 19 agosto 1955 un decreto ministeriale istituì a Urbino una Sottosezione di Archivio di Stato, la quale venne trasformata in Sezione di Archivio di Stato con un secondo decreto ministeriale del 10 luglio 1965. L’istituto, fin dalla sua fondazione, si trovava in due saloni inidonei del palazzo ducale, sede dell’archivio notarile. Ma dal giugno del 1978 ha avuto la sua sede nei locali della Scuola elementare Giovanni Pascoli, situata in Piano Santa Lucia. L’archivio notarile costituì il nucleo fondamentale attorno al quale si aggregarono gli altri fondi.