Il Museo ospita una ricca collezione di reperti naturalistici ed una vasta gamma di strumentazioni scientifiche. Tra questi ultimi spiccano gli animali esotici, raccolti dal naturalista anconetano, come due pinguini, un piccolo caimano, un armadillo, colibrì, piccoli squali, pesci-istrice, ecc. Inoltre, all’interno della struttura, sono conservati anche alcuni rari strumenti di epoca. Nelle cinque sale successive sono stati esposti esemplari di fauna tipica di vari ambienti marchigiani, come quello fluviale, costiero, collinare, delle gole rupestri e montano.
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