Nel 1929 venne fondato il Museo, ma fu chiuso a seguito dei danni subiti durante la Seconda Guerra Mondiale. Fu riaperto nel 1952 trasferendo la sede presso l’Acquario Comunale e, nel 1980, venne nuovamente trasferito nella sua attuale sede. Costituisce un punto di riferimento per quanto concerne la cultura scientifica e la ricerca in materia di conservazione dei beni naturali, nonostante la parte espositiva sia ancora in fase di allestimento. Nel dicembre 2000 è stata aperta la Sala del Mare, dove si possono ammirare lo scheletro della grande balenottera Annie, insieme ad altre specie di cetacei, tartarughe marine, pesci e uccelli che popolano l’ambiente mediterraneo. Nel parco della villa e nei luoghi in precedenza destinati a orti, è stato creato un orto botanico dedicato alla flora e alla vegetazione mediterranea tipica della regione, con particolare attenzione alle comunità presenti sulla costa livornese e nell’Arcipelago Toscano.
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