Il Museo ha lo scopo primario di esporre la collezione raccolta dal canonico fiesolano Angelo Maria Bandini.
Si trattava di un uomo di grande erudizione e cultura, nonché bibliotecario della Biblioteca Medicea Laurenziana, che visse nel periodo compreso tra il 1726 e il 1803. Il museo ha subito diverse modifiche, dal primo allestimento degli anni Trenta ad oggi: quello attuale è stato inaugurato il 9 febbraio 2006.
