L’ex complesso conventuale di San Francesco della Scarpa sorge nei pressi della città vecchia di Bari, in un’area adiacente al Mar Adriatico, a nord-ovest. Le ricerche archeologiche condotte durante i restauri degli anni ’70 del Novecento hanno dimostrato un’antropizzazione precoce della zona. L’indagine nella volta absidale della chiesa ha rivelato tracce di un insediamento capannicolo dell’Età del Bronzo, una sepoltura databile tra l’età arcaica e classica (VI-V a.C.) e i resti di un quartiere abitativo della città romana, con fasi di età repubblicana e della prima età imperiale.
Nel 1220, la famiglia Dottula donò ai Frati Minori il luogo di preghiera di Santa Caterina, comprendente un’ampia area che sarebbe diventata la base del convento. La chiesa, dedicata a San Francesco, fu eseguita come ampliamento della cappella di Santa Caterina; i lavori, intervallati da lunghi periodi di stop, si conclusero tra il 1306 ed il 1321. La struttura iconografica della chiesa, con una sola nave, originariamente con coperture a capriate in legno, comprende il coro, coperto da una volta in pietra squadrata a crociera nervata, archiacuta, con quattro colonne angolari sopra le quali sono posti capitelli, diversi fra loro per stile e dettagli decorativi e fitomorfi. All’aula erano collegati due locali sul lato sinistro dell’abside, entrambi con volte a crociera rialzata, segnate da costoloni che poggiano su quattro imposte.
La cappella di Santa Caterina, inclusa nel nuovo edificio religioso sul lato destro dell’abside, era destinata alla sopraelevazione di una torre campanaria, di cui oggi rimangono solo alcune tracce. Con l’arrivo della dinastia angioino-durazzesca (1380-1442) i lavori ripresero, consentendo la costruzione di un’ala adiacente alla sacrestia, con sviluppo da sud-est a nord-ovest. L’edificio comprendeva un oratorio e un refettorio con relativa cucina. Nel 1436 giunsero a Bari i frati dell’Ordine dei Minori Osservanti e da allora i Minori Osservanti (calzanti gli zoccoli) e i Minori Conventuali furono distinti.
La costruzione del chiostro a pianta quadrilatera iniziò nel 1511. Dopo il terremoto del 1631, il restauro venne ufficialmente celebrato nel 1672, con la riconsacrazione della chiesa ricostruita. Nel 1715, anche la cappella di Santa Caterina fu restaurata e adattata per la sopraelevazione della torre campanaria. Con l’inizio dell’uso militare del complesso, prima da parte francese (1798-1815), poi borbonica (1815-1860) iniziò la sua decadenza. Con l’Unità d’Italia, dopo l’assegnazione a varie confraternite, l’edificio continuò a essere utilizzato per usi militari, fino al 1943, quando venne requisito dal comando militare alleato per ospitare truppe inglesi. Il 9 aprile 1945 fu fortemente danneggiato dall’esplosione di una nave di carico alleata e in seguito è stato destinato a centro di raccolta per profughi.