El antiguo complejo conventual de San Francesco della Scarpa se encuentra cerca de la ciudad vieja de Bari, en una zona al noroeste, adyacente al mar Adriático. Las investigaciones arqueológicas realizadas durante las restauraciones de los años 70 evidenciaron una temprana adapatación antropológica de la zona. La investigación en la bóveda del ábside de la iglesia descubrió vestigios de un asentamiento de chozas de la Edad del Bronce, una sepultura de las épocas arcaica y clásica (VI-V a. C.) y los restos de un barrio habitado de la ciudad romana, con fases de época republicana y de la primera época imperial.
En 1220 , la familia Dottula donó a los Frailes Menores el lugar de oración de Santa Catalina, que comprendía una amplia zona que se convertiría en la base del convento. La iglesia, dedicada a San Francisco, se construyó como ampliación de la capilla de Santa Catalina, las obras, intercaladas con largos periodos de inactividad, se concluyeron entre 1306 y 1321 . La estructura iconográfica de la iglesia, con una única nave, originalmente con techos de celosía de madera, incluye el coro, cubierto por una bóveda cuadrada de piedra de crucería nervada, arqueada, con cuatro columnas angulares sobre las que se colocan capiteles, diferentes entre sí por estilo y detalles decorativos y fitomorfos. En el lado izquierdo del ábside, había dos salas conectadas con el vestíbulo, ambas con bóveda de crucería elevada, remarcadas con nervaduras que descansan sobre cuatro postigos.
La capilla de Santa Catalina, incluida en el nuevo edificio religioso en el lado derecho del ábside, estaba destinada al levantamiento de una torre campanario, de la que hoy solo quedan algunos vestigios. Los trabajos se reanudaron con la llegada de la dinastía angevina-durazzesca ( 1380-1442 ) permitiendo la construcción de un ala adyacente a la sacristía que se extendía de sureste a noroeste. El edificio incluía un oratorio y un refectorio con cocina. En 1436 llegaron a Bari los frailes de la Orden de los Menores Observantes y a partir de entonces se distinguían los frailes Menores Observantes (que usaban zuecos) de los frailes Menores Conventuales.
La construcción del claustro de planta cuadrilátera comenzó en 1511 . Tras el terremoto de 1631 , la restauración se celebró oficialmente en 1672 , con la reconsagración de la iglesia reconstruida. En 1715 , la capilla de Santa Catalina también se restauró y se adaptó para el levantamiento de la torre del campanario. Con el inicio del uso militar del complejo, primero por los franceses (1798 -1815 ), luego por los borbones (1815 -1860 ) comenzó su declive. Con la Unificación de Italia, tras ser asignado a varias cofradías, el edificio continuó utilizándose con fines militares, hasta 1943 , cuando fue requisado por el mando militar aliado para albergar tropas inglesas. El 9 de abril de 1945 , sufrió graves daños por la explosión de un carguero aliado y más tarde se destinó a centro de acogida de refugiados.