Proveniente da una donazione del 1786 del vescovo di Modena Giuseppe Maria Fogliani all’Università, il Museo di Geologia e Mineralogia fu ulteriormente incrementato nel 1814 per mezzo di una preziosa collezione di minerali offerta da Massimiliano, fratello del duca Francesco IV d’Austria-Este. In quel momento, le raccolte geo-mineralogiche furono separate da quelle zoologiche grazie all’acquisto di nuovi locali situati al secondo piano del Palazzo Universitario. Il museo vanta interessanti sezioni di mineralogia e petrografia regionale ed esemplari rari, come la meteorite caduta ad Albereto di Modena nel 1765 e una collezione di zeoliti unica al mondo. Successivamente, nel 1840, Pietro Doderlein, incaricato dell’Insegnamento di Storia Naturale: aumentò notevolmente il museo, riorganizzandolo in modo completo. Grazie ad alcune campagne di ricerca e indagini nei territori degli Stati Estensi,arricchì le raccolte mineralogiche, geologiche e, soprattutto, paleontologiche. La sezione mineralogica ha conosciuto il suo periodo di maggior floridezza nella seconda metà dell’800: l’ordinamento del materiale è stato iniziato nel 1877 da Gustavo Uzielli con l’elaborazione di un catalogo secondo la classificazione di Dana (1875). Dante Pantanelli ha continuato il catalogo di Uzielli, arrivando a classificare complessivamente circa 2800 esemplari. Nel 1879 fu acquistata da Carlo Boni una collezione composta da circa 3500 esemplari, accompagnata da un catalogo manoscritto. Durante la Seconda Guerra Mondiale le collezioni sono state spostate e divise tra Istituti di Paleontologia, Mineralogia e Geologia. Ad oggi, il patrimonio museale è in costante aumento grazie alle ricerche condotte in Italia e all’estero da parte dei geologi e mineralogisti dell’Università per scopi di studio e didattici. Dal 2005, per aumentare la propria visibilità, il Museo ha preso il nome di "Gemma 1786".
