Il Museo custodisce collezioni che si concentrano principalmente sulla fauna del Mediterraneo. La collezione entomologica "Ragusa" è la sua raccolta più ampia, ed è costituita da circa 25.000 farfalle. La gamma di esemplari faunistici è molto vasta: di fatto, si segnala una interessante collezione di uccelli, composta da oltre 160 volatili, donata nel 1991 dal Circolo dei Cacciatori della Provincia di Catania. Un’altra collezione di notevole valore è stata donata nel 1923 dalla nobildonna Anna Paternò Castello, composta da circa più di 1000 esemplari, prevalentemente esotici, tra cui un centinaio di colibrì. Inoltre, il patrimonio è stato ampliato grazie all’acquisizione nel 1989 delle interessanti collezioni ornitologiche Baglieri e Baglieri Benanti, contenenti più di 500 esemplari di origine siciliana. All’interno del Museo è possibile visitare anche la "Casa delle Farfalle", una piccola serra climatizzata dove sono presenti farfalle, insetti tropicali ed altri animali che si possono osservare nelle varie fasi della loro vita.
