La Pinacoteca conserva collezioni databili dal XIV al XXI secolo,che fungono da una panoramica sull’evoluzione dell’arte dal Trecento ai giorni nostri. Le sue sezioni di maggiore rilievo sono tre: le preziose tavole del Quattrocento, le opere contemporaneee, con i principali artisti del nostro tempo, e la ceramica savonese. Fra i pezzi di maggior pregio annotiamo la Crocifissione di Donato de’ Bardi, straordinaria espressione della pittura rinascimentale italiana. Gli imponenti polittici, con la Pala Fornari di Vincenzo Foppa, riflettono la fioritura artistica locale tra la fine del Quattrocento e gli esordi del Cinquecento, durante la reggenza dei due papi savonesi della Rovere, ovvero Sisto IV e Giulio II.
Nella sezione di ceramica sono inoltre esposte alcune rare opere del Cinquecento e maioliche bianco-blu, tra cui un eccellente assortimento di vasi da farmacia fatto nel 1666. L’esposizione museale è stata inoltre arricchita dalla collezione di maioloche del principe Boncompagni Ludovisi.
L’esposizione prosegue con opere del Novecento dopo i maestri di Scuola Genovese e i pittori dei secoli Sette e Ottocento, che funge da espressione della stagione artistica iniziata localmente e ispirata a importanti artisti come Jorn, Lam, Farfa, Scanavino e Fabbri, tutti di proprietà della Fondazione De Mari Cassa di Risparmio di Savona. Inoltre, un’altra sezione ospita opere della Fondazione Museo di Arte Contemporanea Milena Milani intitolata a Carlo Cardazzo, tra cui capolavori di Arp, Campigli, Capogrossi, de Chirico, Delvaux, Dubuffet, Fontana, Jorn, Magritte, Mirò, Picasso, che rappresentano una significativa selezione dei più significativi traguardi dell’arte contemporanea internazionale.
Grazie alla sua posizione privilegiata al centro della città, il museo svolge un ruolo di valorizzazione del patrimonio artistico, in stretta collaborazione con le altre istituzioni savonesi, costituendo un circuito di grande interesse culturale e turistico. Per questo motivo, la Pinacoteca è divenuta anche sede di incontri, conferenze, mostre ed attività didattiche rivolte a un vasto pubblico.