Appena oltre la Porta Maggiore, la Basilica Sotterranea si trova nascosta a sette metri sotto il livello dell’attuale strada Prenestina: si tratta di un complesso risalente al I secolo d.C. che venne scoperto casualmente nel 1917. È il più antico esempio di struttura basilicale finora rinvenuto a Roma, con una planimetria di tre navate, un’abside in fondo alla navata centrale e una delle forme classiche degli edifici cristiani. Tuttavia la Basilica di Porta Maggiore sembra essere un tempio pagano, probabilmente dedicato ai culti pitagorici ancora ricoperti da una cappa di mistero. La sua struttura si compone di un passaggio di accesso, di un vestibolo quadrangolare con una volta a padiglione, dotata di lucernario, e di una principale sala basilicale, divisa da sei pilastri in tre navate, con volte a botte. Inoltre, la preziosa decorazione degli stucchi, miracolosamente conservati, raffigura scene mitologiche, dipinti e mosaici sui pavimenti.
