Il Museo di Zoologia e di Anatomia comparata, costituito nel XVIII secolo insieme alle raccolte universitarie di paleontologia e mineralogia, ha l’obiettivo fondamentale di conservare campioni faunistici di particolare rilevanza per il territorio di Modena. Nel corso degli anni, grazie ai doni di cittadini modenesi, ai vari acquisti effettuati tra il 1830 e il 1845 e alla generosa offerta del Duca Francesco IV, che ha donato sia esemplari esotici allevati a corte e morti in cattività, sia fauna locale, il patrimonio museale è notevolmente cresciuto, in particolare nell’ambito ornitologico. Di recente, le collezioni zoologiche hanno visto un ulteriore incremento grazie a donazioni di privati o enti pubblici, sequestri effettuati presso tassidermisti o confiscati a cacciatori, oltre che campioni raccolti per scopi di studio. Ospitato nel Dipartimento di Biologia animale, il Museo vanta attualmente una collezione di circa 3000-3500 vertebrati naturalizzati (uccelli, mammiferi, pesci, rettili), di cui un centinaio appartenenti alla fauna modenese, esposti sotto forma di diorami; circa 1000 vertebrati (soprattutto pesci e rettili) conservati sotto liquidi; circa 250 scheletri e parti anatomiche di vertebrati; una certa quantità di invertebrati conservati in alcool o formalina. Il patrimonio è inoltre composto da una rilevante collezione malacologica composta da esemplari contenuti in qualche migliaio di scatole, un centinaio di scatole entomologiche e alcune vetrine che custodiscono la Collezione Franchini con un ricco assortimento di animali velenosi e parassiti.
