Fondata intorno all’anno 1300, la chiesa di Montone sorge su un colle dove erano ubicate le case degli Olivi e dei Fortebracci. La tipologia di questa architettura appartiene agli Ordini mendicanti: linee semplici, una sola navata con abside poligonale, copertura a capriate. Nel 1500 fu aggiunta alla parte nord dell’edificio un’estensione del convento. Questa chiesa rappresenta il cuore del museo, con numerosi affreschi di carattere votivo. I frammenti che rimangono di questi affreschi, databili alla seconda metà del 1300, lasciano pensare che subito dopo la costruzione della chiesa avvenne un ampio intervento decorativo. Il culmine della decorazione della chiesa si ha nel secolo seguente, quando l’edificio divenne la chiesa di famiglia dei Fortebracci. Essi contribuirono alla sua bellezza donando altari, suppellettili e dipinti. Ad esempio, gli affreschi dell’abside, realizzati tra il 1423 e il 1424 dal ferrarese Antonio Alberti, che raffigurano scene della Vita di San Francesco e del Giudizio Universale, furono commissionati da Braccio da Montone, il cui stemma, il montone tra due ghepardi, viene ricordato in questi dipinti.
Nel 1476 Carlo, figlio di Braccio, costruì l’altare sulla parete sinistra (destra con abside retrostante). Nel 1491 Bernardino, figlio di Carlo, la decorò con l’affresco raffigurante Sant’Antonio da Padova. Il completamento del corrispondente altare sulla parete destra (sinistra con abside alle spalle), si deve forse al generoso contributo di Margherita Malatesta, moglie di Carlo. Sono presenti anche pregevoli opere lignee, come il Bancone dei Magistrati con intarsi a motivi ispirati alle "grottesche", il coro ligneo e il pulpito della chiesa.
Nella pinacoteca comunale si possono ammirare diversi dipinti dei secoli XVI-XVIII che provengono dalle chiese di Montone. Di particolare pregio, poi, è la raccolta di opere tessili: una cospicua collezione varia per materiale, colore, tecniche di lavorazione e prodotti (piviali, pianete, tovaglie d’altare).
La sezione archeologica, infine, raccoglie testimonianze di una villa romana del II secolo d.C. rinvenuta nei pressi di Santa Maria di Sette. Recenti scavi hanno portato alla luce frammenti di tegole e coppi, pezzi di dolia e anfore, frammenti di ceramica nera, una moneta d’argento e tessere di mosaico in marmo nero. Sulla base dei dati raccolti, si pensa che la villa fosse di medie dimensioni e probabilmente apparteneva a un personaggio ricco e illustre. Tuttavia, il loro nome è sconosciuto.