Iniziata nel 1910 sotto la denominazione di "Museo etnografico indo-cinese", la storia del Museo Popoli e Culture è inestricabilmente legata a quella dei missionari. Si deve a Padre Carlo Salerio, partito per la Papua Nuova Guinea nel 1852 e appartenente alla prima spedizione del Pontificio Istituto Missioni Estere, il primo nucleo di raccolte portato in Italia. Purtroppo pochi pezzi sopravvissero ai bombardamenti aerei subiti da Milano nel 1943. Due di essi rimangono conservati ancora presso il Museo. Inoltre, sono parte della raccolta carte geografiche realizzate da Mons. Volonteri, missionario del P.I.M.E. e vicario apostolico della provincia cinese di Henan, a cui si aggiungono i reperti delle culture neolitiche della Cina meridionale scoperti da P. Raffaello Maglioni. Grazie ai missionari del P.I.M.E., dopo la scomparsa di Maglioni, l’intera raccolta fu donata al Museo di Storia di Hong Kong, tranne una piccola parte concessa in prestito al Museo Popoli e Culture.Nel 1970 si verificò un sostanziale cambiamento, con la nuova sede che consentì l’allestimento di due sale dedicate rispettivamente all’arte orientale ed agli oggetti etnografici. Fu in questa data che il museo assunse il nome di "Museo di arte estremo orientale e di etnografia". L’anno 1998 fu l’occasione del cambio definitivo a "Museo Popoli e Culture", seguito nel 2010 dal rinnovamento dell’allestimento attuale per il centenario.
