Nel Giardino Estense, che narra con reperti di grande valore la preistoria europea, dal Neolitico all’Età del Bronzo, e la protostoria locale, si possono ammirare l’Isolino del Lago di Varese, il Pizzo di Bodio-Bodio Lomnago e la Cultura Golasecchiana. Il successivo processo di assimilazione culturale da parte di Roma è documentato nella sezione romana. La storia che viene narrata ci conduce infine al dipinto di Eleuterio Pagliano ’Sbarco dei Cacciatori delle Alpi a Sesto Calende’, dove un progetto audiovisivo site-specific ricostruisce le vicende della Battaglia di Varese del 1859. La Villa prende il nome dall’area storicamente situata ai margini della città, da cui è possibile godere di uno spettacolare panorama sul Lago di Varese.