La raccolta di Lodovico Pogliaghi comprende reperti di grande valore archeologico di origine egizia, etrusca, greca e romana, opere d’arte tra il Rinascimento e la periodo barocco, tessuti antichi provenienti dall’Europa e dall’Asia, arredi storici pregiati, curiosità e articoli bizzarri da tutto il mondo. Oltre alla collezione, la villa conserva modelli, gessi, disegni e materiali da lavoro prodotti da Pogliaghi. Questi, come pittore, scultore, architetto e scenografo, ha dato prova di grande perfezione ed eleganza anche in campo grafico, vetrario e oreficeria, svolgendo commissioni di grande rilievo. La sua opera più nota è senza dubbio la Porta Maggiore del Duomo di Milano, il cui gesso originale è conservato nella Casa Museo. Una parte della collezione, esposta in un allestimento museale, è visibile nei locali, restaurati e nuovamente arredati nel 2005, del Rustico della Casa Museo di Lodovico Pogliaghi. In totale, la Casa Museo accoglie più di millecinquecento opere tra dipinti, sculture e arti applicate, nonché circa cinquecentottanta articoli archeologici.