La Biblioteca Universitaria di Genova risale alla nota “Libreria del Collegio dei Gesuiti”, che come tutte le sedi dell’Ordine, aveva al suo interno, minimo due biblioteche: una per scopi scolastici e un’altra, la vera e propria "Libreria", disposta nella cosiddetta "Terza Sala". Quest’ultima è ancora presente e si distingue per le sue scaffalature in legno di radica che risalgono al XVII secolo.
Dopo lo scioglimento della Compagnia di Gesù nel 1773, il Collegio fu ribattezzato Università Pubblica e sottoposto al controllo diretto della Repubblica di Genova, e di conseguenza la biblioteca gesuitica diventò la "Libreria della Pubblica Università di Strada Balbi", accogliendo le biblioteche dei conventi e delle corporazioni religiose soppresse. Nel 1778 Gaspare Luigi Oderico ricevette un compito importante, il suo nuovo ruolo era il “bibliotecario”, a cui vennero affidate mansioni come quella di catalogare i libri. I manoscritti redatti da lui stesso, rappresentano il catalogo più antico di tutte le collezioni librarie.
Tra il 1797 e il 1799, proprio durante la Repubblica Democratica Ligure, in biblioteca arrivarono numerosi libri mandati dalle librerie dei molteplici ordini religiosi, che erano stati soppressi durante il periodo giacobino e per volere (con testamento) del frate agostiniano Angelico Aprosio (1607-1681).
Nel 1830 la libreria gesuitica venne ampliata per ospitare il crescente patrimonio di libri e nel 1801 fu dichiarata Pubblica Biblioteca Nazionale, e nel 1815, con l’annessione dei territori liguri alla famiglia Savoia, venne denominata “"Biblioteca della Regia Università di Genova".
La Biblioteca continuò ad essere allargata con fondi librari, ecco perché si necessitò la realizzazione di nuovi locali, trovati nella vecchia Chiesa del Collegio dei Gesuiti. Nel 1935 la vecchia Chiesa è stata soggetta a lavori di restauro, la cui soluzione moderna fece sì che si utilizzasse la navata per destinarla la sala di lettura e un magazzino pieno di libri.
Oggi la Biblioteca gode della sua popolarità, anche grazie all’acquisizione del vecchio Hotel Colombia in via Balbi 140, che gli consentì di ampliare i suoi spazi, facendo sì che oggi potesse ospitare più di 600 mila unità tra volumi, manoscritti, cinquecentine, periodici, autografi, opuscoli e incunaboli. In tutto, ci sono 34 sale della biblioteca. Le prime tre, contengono un enorme patrimonio librario a stampa, che risale alla Casa Professa di Gesuiti di Genova, e al Collegio anch’esso genovese. Al suo interno è possibile reperire numerosi fondi bibliografici, risalenti agli anni venti e trenta.
Spostandosi al Settore Conservazione della biblioteca, è possibile ammirare cimelli e manoscritti rari, custoditi con grande attenzione. Così come lo sono i corali liturgici e i codici preziosi sempre all’interno di questo settore.
Ma non si omette la presenza dei 14 mila pezzi di Autografi, tra cui il Fondo Nino Bixio, ricordato sotto il nome di "Autografi del Risorgimento".
Verso metà del Novecento, la Biblioteca è stata arricchita di lasciti e donazioni. Tra le più importanti, quelle di Gerolamo Gaslini, che comprende i 120 incunaboli e 60 manoscritti risalenti all’età umanistica.
A seguire vi è il Fondo Umberto Fracchia, ricevuto nel 1982, che include stampe letterarie e opere manoscritte. Infine, il Fondo Luigi Pelloux, che è arricchito di opere militari e storiche.
Negli anni successivi, è stata ridimensionata anche la politica degli acquisti, che ha portato ad un incremento di collezioni. Nel 1954, venne acquistata la collezione della famiglia De Gaudenzi (che era in mano al Ministero della Pubblica Istruzione). Ben 3.700 edizioni, di critica dannunziana. Il più recente acquisto risale al Fondo Rodocanachi, di spiccato interesse storico letterario.
Dal 2012 invece, grazie ad una convenzione tra Biblioteca e Comune di Genova, il sito ha guadagnato in comodato d’uso le raccolte del grande intellettuale e poeta, Edoardo Sanguineti.