Nato intorno all’area archeologica di Isernia La Pineta, il museo si struttura in tre edifici di circa quattromila metri quadri, collegati tra loro da un lungo passaggio esterno che si affianca al visitatore durante il suo percorso, e dove vi sono state installate una serie di grandi fotografie dedicate agli aspetti della ricerca, dell’insegnamento e della promozione del luogo e del museo. L’area archeologica non è altro che una sezione del complesso museale, di cui fa parte un padiglione di circa settecento metri quadri composto a sua volta da due tracciati situati ad altezze diverse: il primo in alto dedicato alle visite, il secondo in basso dedicato ai ricercatori che, soprattutto d’estate, lavorano alla scoperta e all’analisi dei materiali ritrovati in zona.
Di peculiare importanza sono i reperti de ’La Pineta’ che si trovano nel grande salone espositivo dedicato al sito: qui vi è una vetrina aperta che contiene gli esemplari originali restaurati e, al suo centro, la ricostituzione di circa sessantacinque metri quadri di una parte dell’area archeologica preminente. Gli altri due piani sono arricchiti da vetrinette e riquadri, utili a guidare il visitatore all’indagine dei metodi di scavo, dell’archiviazione, del restauro e della rimozione dei materiali. Lo spettatore poi è reso ancor più partice attraverso la possibilità di usare i supporti multimediali audiovisivi che comprendono le interviste agli archeologi e le ricostruzioni visuali esclusive della superficie archeologica e di quanto vi è stato ritrovato.
La terza sala è caratterizzata da tre sezioni espositive contenenti i resti venuti alla luce in territorio molisano, la cui datazione va dal Basso Paleolitico all’Alto Paleolitico, e dal Neolitico all’Età del Bronzo. A completare la mostra vi sono anche un’attenta riproduzione di un esemplare di Elephas antiquus, illustrazioni pittoriche di grande ampiezza e ricostruzioni scenografiche, tra cui quella di una paradigmatica capanna paleolitica e di un’altra capanna dell’Età del Bronzo.