O mosteiro de Santo Espírito está localizado dentro da abadia com o mesmo nome. As freiras desta abadia, fundada em 1299, são famosas pelo seu tradicional cuscuz de pistácio, um doce da cozinha árabe que se tornou único na pastelaria siciliana. As freiras cistercienses permaneceram apenas até 1866, quando o edifício foi primeiro convertido num orfanato e depois numa cantina para os pobres. Os habitantes de Agrigento chamavam ao mosteiro "Bataranni", ou "Badia grande", precisamente devido ao seu tamanho imponente. Construído em dois andares, é inteiramente construído com materiais locais, ou seja, calcário, arenito e argamassa bastarda. No piso térreo encontram-se o refeitório, a sala capitular e a capela. Ao percorrer um longo corredor e olhar para a esquerda, chega-se ao claustro, a partir do qual se acede à sala capitular através de um portal com múltiplos aros e decorado em ziguezague. No primeiro andar, há quatro outras salas: o dormitório, a sala de mármore, a sala dos caixotões e a sala da Madre Superiora ou sala da torre. No segundo e último andar encontra-se a secção etno-antropológica Antonino De Gubernatis e a sala cartográfica e toponomástica, que alberga a coleção do Museu Cívico com objetos e mobiliário tradicionais da vida rural siciliana e outra com esculturas medievais.