No interior da Catedral, o museu, construído por ocasião do Jubileu do ano 2000, exibe uma preciosa coleção conhecida como Tesouro da Catedral, composta por mais de 400 objetos sagrados, incluindo ostensórios, crucifixos, relicários e outros artefactos litúrgicos de grande valor artístico. A obra mais antiga é uma lâmpada de cristal de rocha em forma de pinha, datada entre 969 e 1250. A luz suave das quatro salas de exposição, com as luzes sugestivas do teto a formar um céu estrelado, além de favorecer a meditação, valoriza magnificamente o trabalho meticuloso e o génio dos habilidosos ourives e prateiros de Messina. A admirar a Manta d'Oro, do século XVII, um paramento de ouro enriquecido com pedras preciosas que remonta à tradição bizantina de cobrir imagens sagradas com metais preciosos e que, novamente de acordo com a tradição, deveria cobrir a imagem sagrada de Nossa Senhora da Letra, padroeira da cidade, exposta no altar-mor da Catedral, e do Menino Jesus. Tradição que chegou até nós, que ainda é praticada todos os anos no dia 3 de junho, festa do padroeiro de Messina.