Iniziata a fine Ottocento per volontà di Giacomo Doria, grande appassionato di Storia Naturale, la collezione del Museo comprendeva anche quelle del principe Oddone di Savoia e di Lorenzo Pareto, entrambe esposte assieme a quella di Doria. Successivamente, il nucleo fu arricchito da acquisizioni provenienti da spedizioni finanziate da Doria, da donazioni e da lasciti. Il materiale raccolto in questo modo ha reso necessario lo spostamento della sede in un edificio appositamente costruito e progettato all’inizio del Novecento. Le collezioni sono esposte in vetrine provviste di pannelli descrittivi. L’allestimento è suddiviso in 23 sale, a cominciare da quella dedicata alla Paleontologia. Nelle successive si trovano raccolte di notevole valore scientifico, prevalentemente zoologiche, oltre a campioni botanici, fossili, rocce e minerali. Tra le collezioni più importanti ci sono quelle dedicate a Mammiferi, Uccelli e Insetti.
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