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Durante 40 días, en 1223, san Francisco se retiró a ayunar en la ladera cubierta de encinas del monte Rainero, el «Sinaí franciscano», lugar en el que el santo redactó la regla de la Orden. La iglesia está precedida por un pórtico reconstruido en 1940 y un convento anexo, en parte del siglo XV.
A la izquierda de la iglesia, una empinada escalinata conduce al Sacro Speco, la cueva en la que san Francisco se retiraba a meditar y donde, al parecer, un año antes de su muerte, en 1225, se sometió a una operación ocular por una grave enfermedad que había contraído quizá en Tierra Santa. Antes del descenso se encuentra un minúsculo oratorio con frescos del siglo XIII en los que se reconoce la figura de María Magdalena, protectora de los penitentes.
El santuario de Fonte Colombo es uno de los cuatro santuarios franciscanos del Camino de San Francisco en el Valle Santo de Rieti, junto con el convento de Greccio, el santuario de la Foresta y el santuario de Po.
