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Durante 40 dias, em 1223, Francisco retirou-se para jejuar na costa coberta de carvalhos do Monte Rainero, o "Sinai franciscano", onde o santo redigiu a regra da Ordem. A igreja é precedida por um pórtico reconstruído em 1940 e um convento adjacente, em parte do século XV.
À esquerda da igreja, uma escadaria íngreme conduz ao Sacro Speco, a gruta onde Francisco se retirou para meditar e onde, ao que parece, um ano antes da sua morte, em 1225, foi submetido a uma operação aos olhos devido a uma doença grave que talvez tivesse contraído na Terra Santa. Antes da descida, encontra-se um minúsculo oratório com frescos do século XIII, onde se reconhece a figura de Maria Madalena, protetora dos penitentes.
O santuário de Fonte Colombo é um dos quatro santuários franciscanos do caminho de Francisco no Vale Santa Reatina, juntamente com o convento de Greccio, o santuário da Floresta e o santuário de Poggio Bustone.
