Pendant 40 jours, en 1223, François se retira pour jeûner sur la côte couverte de chênes verts du mont Rainero, le « Sinaï franciscain », lieu où le saint rédigea la règle de l'Ordre. L'église est précédée d'un portique reconstruit en 1940 et d'un couvent annexe, en partie du XVe siècle.
À gauche de l'église, un escalier raide mène au Sacro Speco, la grotte où François se retirait en méditation et où, semble-t-il, un an avant sa mort, en 1225, il subit une opération des yeux pour une grave maladie qu'il avait peut-être contractée en Terre Sainte. Avant la descente, vous rencontrerez un minuscule oratoire avec des fresques du XIIIe siècle dans lesquelles on reconnaît la figure de Marie-Madeleine, protectrice des pénitents.
Le sanctuaire de Fonte Colombo est l'un des quatre sanctuaires franciscains du chemin de François dans la vallée de Santa Reatina, avec le couvent de Greccio, le sanctuaire de la Forêt et le sanctuaire de Poggio Bustone.