O Museu do Spedale del Ceppo, instalado no interior do Hospital, alberga uma coleção de centenas de instrumentos cirúrgicos antigos que talvez não sejam a sua parte mais cativante. Agora que as funções de tratamento foram transferidas para o novo hospital, o hospital histórico ainda mantém no jardim o pequeno edifício da Sala Anatómica com frescos, onde os estagiários aprendiam a profissão. Ver tanta graça do século XVIII em cores suaves entre retratos de médicos ilustres pode ser comovente. Uma inscrição em latim explica que não há nada tão difícil que não se possa entender com a paixão pela pesquisa.
A raiz da palavra hospital é a mesma que a da palavra hóspede: o primeiro impulso para fundar o instituto na Idade Média foi precisamente o desejo de acolher os peregrinos que queriam prestar homenagem à relíquia do santo padroeiro Jacopo, preservada na Catedral de São Zeno. Hoje, a antiga ala do hospital dedicada ao santo é a sala de exposições do Museu.
Também são explicados aqui os eventos e a técnica do friso de terracota vidrada que chama a atenção na fachada do edifício quando se olha para ele a partir da praça. Acima do pórtico renascentista, as cenas policromadas passam em revista as obras de misericórdia corporal entre as virtudes cardeais e teologais, para recordar quais são os deveres não só dos médicos, mas também de cada cristão. As terracotas são obra do círculo de artistas toscanos formados em torno do fundador Luca della Robbia, que mais tarde resultou na rivalidade entre a dinastia original e os Buglioni entre os séculos XV e XVI: a maior parte do friso de Pistoia parece ser obra de Benedetto Buglioni.