Le musée du Spedale del Ceppo, installé à l'intérieur de l'hôpital, abrite une collection de centaines de fers chirurgicaux d'époque qui ne représentent peut-être pas sa partie la plus attrayante. Maintenant que les fonctions de soins ont été déplacées dans le nouvel hôpital, l'hôpital historique a conservé dans le jardin le petit bâtiment de la salle anatomique décorée de fresques, où les praticiens apprenaient la profession. Voir tant de grâce du XVIIIe siècle aux couleurs douces parmi les portraits de médecins illustres peut émouvoir. Une inscription en latin explique qu'il n'y a rien de si difficile qu'on ne puisse comprendre avec la passion de la recherche.
La racine du mot hôpital est la même que celle du mot hôte : la première impulsion pour fonder l'institut au Moyen Âge avait été précisément la volonté d'accueillir les pèlerins qui voulaient rendre hommage à la relique du saint patron Jacopo conservée dans la cathédrale San Zeno. Aujourd'hui, l'ancienne salle de l'hôpital dédiée au saint est la salle d'exposition du musée.
On y explique également les événements et la technique de la frise en terre cuite émaillée qui attire le regard sur la façade du bâtiment lorsque l'on l'observe depuis la place. Au-dessus du portique de la Renaissance, les scènes polychromes passent en revue les œuvres de miséricorde corporelle entre les vertus cardinales et théologales, pour rappeler quels sont les devoirs non seulement des médecins, mais aussi de chaque chrétien. Les terres cuites sont l'œuvre du cercle d'artistes toscans formé autour du fondateur Luca della Robbia, puis débouchant entre le XVe et le XVIe siècle sur la rivalité entre la dynastie d'origine et les Buglioni : la majeure partie de la frise de Pistoia semble être l'œuvre de Benedetto Buglioni.