O Museu tem o nome do seu fundador, o Conde Agostino Pepoli, que o fundou entre 1906 e 1908. Está localizado no antigo convento dos padres carmelitas, ao lado do santuário da Anunciação, escondido num belo claustro, também construído no século XIV e remodelado nos séculos seguintes. Reúne artefactos em coral, ouro, prata, majólica dos séculos XVII e XVIII e algumas peças de raro interesse. No rés-do-chão, pode admirar as esculturas religiosas sicilianas em mármore (não perca o San Giacomo Maggiore de Antonello Gagini, uma obra-prima do gosto classicista-renascentista), uma antiga guilhotina do período dos Bourbon, a grande bandeira do "Lombardo", um dos dois navios a vapor que transportaram os Mil de Garibaldi de Quarto para Marsala. Uma imponente escadaria, com mármore policromado, conduz ao primeiro andar que alberga a Pinacoteca. Aqui, é obrigatório parar em frente ao magnífico políptico do século XV que representa a Virgem Maria no trono com o Menino que coroa Santa Catarina. A secção de artes decorativas é significativa, com a esplêndida coleção de obras de coral de fabrico local, incluindo a lâmpada suspensa em cobre dourado do Irmão Matteo Bavera, coral e esmaltes datados de 1633, o Crucifixo esculpido numa única peça de coral e a coleção de estatuetas de presépio em terracota, marfim, alabastro e coral. Há também a secção arqueológica que reúne objetos desde a pré-história até à época romana.