As catacumbas de São Januário e São Gaudioso encontram espaço nas entranhas da cidade, contando a sua história mais antiga e a ligação muito estreita que Nápoles tem com a fé. Espaços que foram, durante muito tempo, até à época ducal, época que foi seguida de devastação e saques, cemitérios subterrâneos e locais de oração. Após um longo período de abandono, no início da década de 2000, o Padre Loffredo, juntamente com os rapazes da Sanità, reunidos na cooperativa La Paranza e depois na Fundação San Gennaro, assumiu a gestão dos sítios arqueológicos e regenerou-os radicalmente. O sistema de iluminação, que valoriza o claro-escuro e preserva o património pictórico do local, também foi criado pela Officina dei Talenti, cooperativa formada pelos jovens do bairro.
A anunciar a entrada nas catacumbas de São Januário encontra-se uma estátua do santo com mais de quatro metros de altura, uma obra moderna de Lello Esposito. As catacumbas datam do século II e os frescos foram feitos até ao século X. No século III, São Agripino foi aqui deposto e, no início do século V, São Januário, cujas relíquias (mais tarde roubadas, em 831) fizeram deste um lugar de devoção.
Existem também túmulos em forma de arco com frescos, incluindo um com a mais antiga representação de São Januário (do século V), que representa o mártir entre uma menina e uma mulher e com a cabeça encimada pela inscrição "Sancto Martyri Januario". Os cunículos, magníficas passagens (como a com três arcos decorados) levam à basílica subterrânea do final do século V, exemplo único na arquitetura das catacumbas, com elementos esculpidos no calcário. Ou ainda a cripta dos bispos, dedicada à memória dos primeiros catorze bispos napolitanos, com túmulos adornados com mosaicos notáveis, com os retratos de quatro bispos do século V.
E ainda a basílica de Santo Agripino, com a sua grande claraboia cónica decorada. No altar, através da fenestella confessionis, os fiéis tocavam no túmulo de São Januário com panos que depois guardavam como relíquias. À esquerda, encontra-se a mais bela sala das catacumbas, construída como hipogeu gentílico e depois entregue à comunidade cristã, onde se destacam os sarcófagos esculpidos no calcário de cada lado, o teto decorado com pinturas do século II e uma pia batismal do século VIII.