Les catacombes de San Gennaro et de San Gaudioso se trouvent dans les entrailles de la ville, témoignant de son histoire la plus ancienne et du lien très étroit que Naples entretient avec la foi. Ces espaces ont pendant très longtemps, jusqu'à l'époque ducale, période marquée par la dévastation et le pillage, servi de cimetières souterrains et de lieux de prière. Au début des années 2000, après une longue période d'abandon, le père Loffredo, avec les jeunes du quartier de la Sanità regroupés dans la coopérative La Paranza puis dans la Fondation San Gennaro, ont pris en charge ces sites archéologiques et les ont radicalement restaurés. L'installation d'éclairage, capable de mettre en valeur les clair-obscur tout en préservant le patrimoine pictural du lieu, a également été réalisée par l'Officina dei Talenti, une coopérative formée par les jeunes du quartier.

L'entrée des catacombes de San Gennaro est annoncée par une statue du saint de plus de quatre mètres de haut, œuvre moderne de Lello Esposito. Les catacombes remontent au IIe siècle, tandis que les fresques ont été réalisées jusqu'au Xe siècle. Saint Agrippin y fut déposé au IIIe siècle et saint Janvier (san Gennaro), dont les reliques (volées en 831) en firent un lieu de dévotion, au début du Ve siècle.

On y trouve également des tombes en forme d'arc décorées de fresques, dont l'une avec la plus ancienne représentation de san Gennaro (du Ve siècle), qui représente le martyr entre une petite fille et une femme, la tête surmontée de l'inscription « Sancto Martyri Januario ». Et puis il y a les cunicoli, des passages magnifiques (comme celui à trois arcs décorés) qui mènent à la basilique hypogée de la fin du Ve siècle, exemple unique dans l'architecture des catacombes, avec des éléments sculptés dans le tuf. Il y a aussi la crypte des évêques, dédiée à la mémoire des quatorze premiers évêques napolitains, avec des tombes ornées de mosaïques remarquables et de portraits de quatre évêques du Ve siècle.

Encore, la basilique S. Agrippino, au grand puits de lumière conique décoré , dans l'autel, à travers la fenestella confessionis, les fidèles touchaient la tombe de San Gennaro avec des vêtements qu'ils conservaient ensuite comme reliques. Sur la gauche se trouve la plus belle salle des catacombes, construite comme hypogée aristocratique puis cédée à la communauté chrétienne, avec des sarcophages taillés dans le tuf de part et d'autre, un plafond orné de peintures du IIe siècle et des fonts baptismaux du VIIIe siècle.

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