Localizada perto do Lago Trasimeno, nas encostas de uma colina a meio caminho entre Perúgia e Città della Pieve, provavelmente deve o seu nome à nobre família Fontinius, proprietária destas terras.
O atestado mais antigo da sua existência é um diploma de Frederico II, de 1163, que nomeia o Hospital como pertencente à Catedral de Perúgia. Em 1188, o Castelo de Fontignano passou para o domínio de Perúgia e de nada valeram as numerosas tentativas de rebelião, incluindo a do famoso chefe Braccio Fortebraccio em 1415.
Fontignano está fortemente ligada ao grande pintor Pietro Vannucci, conhecido como Perugino, que, entre 1521 e 1522, criou os frescos da igreja da Anunciação. Morreu de peste enquanto terminava o fresco da Natividade e foi enterrado perto da Igreja. Somente em 1940 foi criado um monumental túmulo de mármore para acolher os seus restos mortais.
06132 Fontignano PG, Italia