Situé à proximité du lac Trasimène, sur les pentes d'une colline à mi-chemin entre Pérouse et Città della Pieve, il doit probablement son nom à la famille aristocratique des Fontinius, propriétaire de ces terres.
La plus ancienne attestation de son existence est un diplôme de Frédéric II de 1163 qui cite l'hôpital comme appartenant à la cathédrale de Pérouse. En 1188, le château de Fontignano passe sous la domination de Pérouse et les nombreuses tentatives de rébellion, dont celle du célèbre condottiere Braccio Fortebraccio en 1415, sont vouées à l'échec.
Fontignano est fortement lié au grand peintre Pietro Vannucci, dit le Pérugin, qui, entre 1521 et 1522, orna l'église de l'Annunziata de fresques. Il mourut de la peste alors qu'il achevait la fresque de la Nativité et fut enterré près de l'église. Ce n'est qu'en 1940 qu'une tombe monumentale en marbre a été créée pour accueillir ses restes.
06132 Fontignano PG, Italia