A Basílica de São Francisco é a grandiosa basílica, construída imediatamente após a morte do Santo, a partir de 1226. A principal característica, bem como a originalidade do complexo, é dada pelo facto de serem duas igrejas sobrepostas, protegidas pela dupla fileira dos altíssimos arcos do Sagrado Convento que protege o templo em direção ao vale. No interior, os espetaculares frescos criados pelas escolas de Giotto, Cimabue e Simone Martini na Igreja Inferior, bem como os frescos dos próprios Cimabue e Giotto na Igreja Superior. O terramoto de 1997 danificou gravemente a Igreja Superior, causando a perda de dois frescos, mas um longo e delicado restauro recuperou em 1999 o que foi perdido, pelo menos em grande parte.
Piazza Inferiore di S. Francesco, 2, 06081 Assisi PG, Italia