Um dos museus eclesiásticos mais antigos de Itália é o da Igreja Colegiada de Empoli, que representa um importante centro da cultura nacional, especialmente no que diz respeito à pintura do período gótico tardio e renascentista.
Inicialmente, a sede do Museu foi localizada na Capela de São Lourenço, ao lado da igreja. Em 1939, foi transferida para a Propositura e definitivamente montada por Guido Morozzi e Enzo Baldini, em 1956.