L'un des plus anciens musées ecclésiastiques d'Italie est précisément celui de la Collegiata di Empoli, qui représente un important centre de la culture nationale, en particulier en ce qui concerne la peinture de la période gothique tardive et de la Renaissance.
Au début, le siège du musée était situé dans la chapelle San Lorenzo, à côté de l'église. En 1939, elle fut transférée à la Propositura et aménagée définitivement par Guido Morozzi et Enzo Baldini, en 1956.