As coleções históricas instaladas no Palácio dos Museus, no antigo convento dos Frades Menores Conventuais de São Francisco, constituem o núcleo original pertencente aos Museus Cívicos e têm origem na coleção do cientista Lazzaro Spallanzani (Scandiano 1729 - Pavia 1799), recuperada pelo município de Régio após a morte do estudioso e colocada em 1830 numa ala do palácio. As adições subsequentes levaram à criação de um interessante modelo de museu unitário, organizado em diferentes secções: arqueologia, etnografia, história da arte, história natural e história da cidade. Nas paredes do vestíbulo e do átrio, é possível admirar alguns preciosos mosaicos de pavimento, datados da primeira era imperial romana e dos séculos XI a XII, provenientes de quatro igrejas de Régio da Emília.

O ciclo, reunido entre 1874 e 1919 por Chierici e Naborre Campanini, inclui peças de grande importância e qualidade que documentam a época da plena retoma das funções urbanas, momento caracterizado pelo florescimento da economia agrícola e do desenvolvimento demográfico. A Coleção Spallanzani, que reflete a grande variedade de interesses do cientista nos mais diversos campos da história natural, também inclui objetos pessoais e mobiliário, recordações da viagem à Turquia, um jogo de damas em âmbar, pequenas esculturas e vasos de alabastro, ornamentos feitos de conchas, mesas zoológicas e mobiliário em inúmeras variedades de mármore. Todos estes objetos, recolhidos pelo próprio estudioso durante as suas numerosas viagens, compõem uma interessante referência à cultura das wunderkammern. A coleção inclui também as obras do agrónomo de Régio, Filippo Re, e dos naturalistas Bonaventura Corti e Leopoldo Nobili.

O percurso expositivo agora disponível para os visitantes é o resultado do trabalho de Alfredo Jona (1846-1929) que, no final do século XIX, ordenou e classificou o núcleo original com base em enunciados taxonómicos lineares. Com base nisso, a coleção que remonta ao século XVIII foi dividida pelos materiais adquiridos durante o século XIX, quando o museu gradualmente ocupou todo o primeiro andar da estrutura, abrigando assim as inúmeras adições às coleções naturalistas, etnográficas e arqueológicas do Museu de História da Pátria, fundado em 1862 por Don Gaetano Chierici. As coleções naturalistas incluem também as coleções zoológicas expostas na sala Vallisneri, que inclui uma secção sistemática e uma secção inteiramente dedicada à fauna local, bem como os espécimes exóticos da Coleção Franchetti. Entre estas, destaca-se a rica coleção do agrónomo de Régio, Filippo Re (1763-1817). Ainda no que diz respeito ao campo naturalista, as coleções do século XIX foram unidas às dedicadas à Geologia (1989), à Fauna de Régio (1992) e à exposição dos restos da baleia Valentina (2001), um cetáceo fóssil de 3,5 milhões de anos encontrado nas colinas de Régio do Vale do Secchia. Por fim, nas vitrinas dedicadas aos cientistas de Régio da Emília, são exibidos objetos pessoais do médico e naturalista Antonio Vallisneri (1661-1730), do naturalista Bonaventura Corti (1729-1813) e do físico Leopoldo Nobili (1784-1835).

O núcleo original do Museu de História da Pátria, formado em 1862 por Don Gaetano Chierici (1819-1886), fundador da escola paleontológica italiana, é constituído pela coleção paleontológica. Reorganizada em 1975 com base na ordem iniciada por Chierici, que se tornou um modelo de método científico no final do século XIX, inclui um documento fundamental da cultura museológica, a classificação cronológica dos artefactos reunidos de acordo com associações que ocorrem em certas áreas geográficas e sequências estratigráficas. A exposição, dividida em três séries, é composta por uma sucessão de 115 vitrinas contendo materiais pertencentes a vários períodos: arqueolítico, neolítico, eneolítico, Idade do Bronze e do Ferro, Idade Romana (contada por materiais das necrópoles em redor de Brescello) e Idade Bárbara (representada por conjuntos de túmulos lombardos).
Entre todos, destacam-se os artefactos encontrados por Chierici em Ca' di Marco, dentro das cavernas de Pianosa e nos locais de Bellanda e Demorta, os levantamentos estratigráficos de terrenos e uma série de sepulturas que remontam à Idade do Cobre e do Ferro, de Remedello e Sant'Ilario d'Enza, removidos com o leito de terra de pertença ainda intacto. Também de grande interesse são os materiais etnográficos da América do Norte, recolhidos por Antonio Spagni (1809-1876) e depois doados à cidade de Régio em 1844. A exposição é completada pelo mapa arqueológico da província de Régio da Emília e pelas relíquias que testemunham o compromisso político de Chierici a favor da Unificação de Itália.

O Museu Romano contém uma série de artefactos romanos encontrados na década de 1950 durante as escavações no centro de Régio, que tiveram lugar sob a supervisão de Mario Degani. A coleção foi catalogada ou organizada em 1975 por Giancarlo Ambrosetti, primeiro numa secção provisória, depois na configuração atual, de acordo com uma ordem temática. A primeira sala possui um interessante pavimento em mosaico de uma domus da Via S. Carlo, a que se juntam amostras de ânforas de vinho e azeite e cerâmica de uso doméstico com fragmentos de estatuária. A exposição prossegue com fragmentos escultóricos que retratam divindades, elementos ornamentais para jardins e casas e retratos funerários. As decorações de paredes policromadas e os fragmentos arquitetónicos de mármore dizem respeito à construção residencial, enquanto o tema da hidráulica é documentado por fístulas de chumbo e tubos de terracota.

No Pórtico dos Mármores encontra-se a coleção encomendada por Gaetano Chierici em 1875: inclui duzentas peças romanas, incluindo estelas funerárias, lápides, estátuas de várias personagens, urnas cinerárias, fragmentos arquitetónicos e altares. Quase todas as peças datam da primeira era imperial e foram encontradas em Brescello, Goleto di Boretto, San Maurizio e Régio da Emília.

Os materiais da Idade Média ao século XVIII são cerca de trezentos e cinquenta e incluem lápides, esculturas, colunas e capitéis. Entre as obras a não perder, uma Nossa Senhora com o Menino da segunda metade do século XIII, a pia batismal com os símbolos dos Evangelistas do final do século XIII e o portal do Palácio Fontanelli, atribuído a Bartolomeo Spani (1517), autor de uma série de esculturas de mármore originárias da igreja de São Tiago Maior. De Prospero Sogari, conhecido como Clemente, é possível admirar uma pia de água benta já no oratório da Visitação da Virgem Maria. No segundo andar, foi inaugurada uma nova exposição em 2021, baseada no projeto de Italo Rota e dos curadores dos Museus Cívicos, que conclui o processo de reorganização das coleções e o significado que o museu adquiriu dentro da comunidade. As quatro galerias dispostas em quadrilátero (com uma área de 1000 metros quadrados e mil objetos expostos) acolhem documentação relacionada com a Pré-história do território de Régio, passando pela presença etrusca e pela conquista romana, até ao início da Idade Média, graças a artefactos excecionais (alguns dos quais emprestados por várias instituições da cidade). A secção histórico-artística continua desde os séculos dos Este até ao Primeiro Tricolor revolucionário e unitário, de Antonio Fontanesi à contemporaneidade, exibindo um rico património fotográfico das obras recolhidas ou encomendadas pela Administração no âmbito do projeto de Fotografia Europeia. Uma secção permanente, com exposições rotativas, é dedicada à produção de Luigi Ghirri.