Dentro do Palácio Poggi, residência do reitorado da Universidade de Bolonha, os visitantes podem admirar algumas coleções históricas do Instituto de Ciências, fundado em 1711 por Luigi Ferdinando Marsili. AULA CARDUCCI: foi aqui que, a partir de 1860 e durante quarenta e três anos, o poeta Giosué Carducci deu as suas aulas de literatura. A sala está mobilada com o mobiliário original, bem como com um busto de bronze de Bastianelli, feito em Roma. Em frente, abre-se a sala de Hércules, onde há uma estátua de pedra esculpida em 1730 por Angelo Piò, que no passado foi colocada no pátio do edifício.
MUSEU HISTÓRICO DO ESTUDO E DO OITAVO CENTENÁRIO: Fundado em 1888 no Archiginnasio por ocasião do oitocentos anos da Universidade e transferido em 1948 para o Palazzo Poggi, preserva uma ampla gama de documentos que vão do século XI aos dias atuais: pergaminhos, códices, incunábulos, selos, diplomas, estatutos, doações, autógrafos, medalhas, insígnias reitorais. Entre as relíquias mais importantes está a toga de Luigi Galvani. Além disso, a coleção, iniciada em 1754 pelo cardeal bolonhês Filippo Maria Monti, é composta por mais de 400 pinturas a óleo que retratam ilustres professores do passado, às quais se juntam as obras (cerca de 600) distribuídas nas salas do reitorado e da biblioteca. A coleção inclui obras de Donato Creti, Lucia Casalini Torelli, Vandi, Zanotti, Keeble, Crescimbeni, bem como o busto de mármore de Eustachio Manfredi, esculpido pelo famoso anatomista Ercole Lelli.
MUSEU ALDROVANDIANO: o museu conserva apenas uma pequena parte do grande património que constituía a coleção que o conhecido naturalista Ulisse Aldrovandi (1522-1605), professor de filosofia natural da Universidade e fundador do Jardim Botânico, doou após a sua morte ao Senado em 1603. O núcleo aldrovandiano, inicialmente colocado no Palácio Municipal juntamente com a coleção naturalista de Ferdinando Cospi, foi transferido em 1913 para a Biblioteca do Palácio Poggi, após a fundação do Instituto de Ciências que em 1907 se ocupou da sua reconstituição. Empobrecido pelas espoliações napoleónicas, foi redistribuído pelos vários institutos universitários. As esplêndidas pranchas de aguarela que acompanham os volumes da "Storia Naturale", onde Aldrovandi descreveu plantas e animais com uma abordagem científica inovadora, baseada em investigação e acompanhada de imagens, estão expostas dentro de vitrinas do século XVIII. Na coleção, pode admirar minerais, fósseis, animais secos ou empalhados, a famosa 'Ranina Aldrovandi', preparados de origem vegetal ou animal. Os materiais das coleções também incluem a correspondência e as obras do naturalista ilustradas por uma coleção de tábuas xilográficas, um rico herbário em dezasseis volumes, quatro retratos, um dos quais de Palagi, e um retrato em mosaico de Bento XIV.

MUSEU MARSILIANO: a instalação do museu nas salas da Biblioteca Universitária remonta a 1930, por ocasião da celebração do 200.º aniversário da morte de Luigi Ferdinando Marsili, um ilustre general e homem de cultura enciclopédica a quem se deve, em 1711, o nascimento do Instituto de Ciências de Bolonha, inaugurado no Palácio Poggi em 1714. Marsili marca com o seu trabalho um momento inovador na vida intelectual da cidade e no interesse pelo mundo antigo. Enquanto os achados arqueológicos das coleções Marsilianas estão preservados no Museu Arqueológico Cívico, o Museu Marsiliano está dividido em duas salas do palácio e é composto principalmente por materiais de papel. Aqui aparecem os manuscritos e as obras impressas que documentam os estudos de Marsili, desde a antiguidade clássica à arte militar, da geografia à etnologia e às ciências naturais. Também são visíveis modelos em madeira de fortificações, bem como reproduções em bronze de canhões e morteiros provenientes das salas de arquitetura militar do Instituto de Ciências, de onde também provêm mapas, manuscritos e desenhos.
MUSEU DOS NAVIOS E DOS ANTIGOS MAPAS GEOGRÁFICOS: a formação do museu, situado no interior do Palácio Poggi, ao lado das outras coleções da Reitoria da Universidade, está ligada à Câmara de Geografia e Náutica, criada em 1724 no âmbito do Instituto de Ciências. Existem dez modelos muito raros de alguns barcos, galeões, navios de guerra datados do século XVI ao século XVIII, incluindo Le Royal Louis, Le Bien Aim (1771) e Le Vainqueur. Uma parte do museu exibe pranchas gravadas em cobre de considerável valor do século XVII, publicadas em Bolonha, Paris, Marselha, Amsterdão e Inglaterra.

OBSERVATÓRIO E MUSEU DE ASTRONOMIA: já em 1702, o general Marsili tinha-se voltado para Eustachio Manfredi para a construção do edifício do Observatório do Palácio Poggi, a estrutura que alberga o museu, dividido em três ambientes diferentes, a partir de 1979. A torre, ou sala das oito janelas, foi construída especificamente para o uso de instrumentos extrameridianos e telescópios longos. Foi projetada em 1712 por G. A. Torri e concluída em 1725 por C. F. Dotti, e foi construída rotativa em relação ao edifício e com as quatro faces orientadas para os pontos cardinais. A abertura na abóbada, por outro lado, foi inserida especificamente para a observação do zénite. Além dos valiosos instrumentos de Sisson, montados em 1741, estão expostos numerosos instrumentos náuticos, agrimensores e geodésicos e um telescópio de tubo rígido de oito metros de comprimento de Campani, talvez o único que ainda resta deste tipo. De particular interesse são a linha meridiana em latão e mármore de Ercole Lelli (1741) e o relógio de sol de 1726. Outra sala preserva alguns astrolábios e mapas preciosos impressos em Pequim no início do século XVII pelos padres jesuítas.

MUSEU OBSTÉTRICO "G. A. GALLI": Fundado em 1757 por iniciativa de Bento XIV, que havia adquirido o gabinete científico do famoso cirurgião Giovanni Antonio Galli (1708-1782), está sediado no Palácio Poggi. Trata-se da reconstrução de um laboratório experimental, muito avançado para a época, que atesta o alto nível da obstetrícia do século XVIII graças a tabelas anatómicas, modelos de argila, madeira e cera, instrumentos cirúrgicos.

MUSEU INDIANO: Localizado ao lado das outras coleções da Reitoria da Universidade, o museu alberga a coleção de "cloisons", porcelanas chinesas, algumas armas e tecidos, pequenos bronzes, vasos e pratos de metal indianos, bem como vários manuscritos. Todos os achados e objetos de vários tipos foram recolhidos por Francesco Pullè (1850-1934), cientista e patriota, na Índia em 1902.