À l'intérieur du Palazzo Poggi, résidence du rectorat de l'Université de Bologne, les visiteurs peuvent admirer quelques collections historiques de l'Institut des sciences, fondé en 1711 par Luigi Ferdinando Marsili. SALLE CARDUCCI : c'est ici que, depuis 1860 pendant quarante-trois ans, le poète Giosué Carducci a donné ses cours de littérature. La salle est meublée avec les meubles d'origine, ainsi qu'avec un buste en bronze de Bastianelli, réalisé à Rome. En face, s'ouvre la salle d'Hercule, où se trouve une statue en pierre sculptée en 1730 par Angelo Piò, qui était autrefois placée dans la cour du bâtiment.
MUSÉE HISTORIQUE DE L'ÉTUDE ET DU HUITIÈME CENTENAIRE : créé en 1888 à l'Archiginnasio à l'occasion des huit cents ans de l'Université et déplacé en 1948 au palais Poggi, il conserve un large éventail de documents allant du XIe siècle à nos jours : parchemins, codes, incunables, sceaux, diplômes, statuts, dons, autographes, médailles, insignes rectoraux. Parmi les reliques les plus importantes, il y a la toge de Luigi Galvani. La collection, commencée en 1754 par le cardinal bolognais Filippo Maria Monti, se compose de plus de 400 peintures à l'huile représentant d'illustres professeurs du passé, auxquelles s'ajoutent les œuvres (environ 600) réparties dans les salles du rectorat et de la bibliothèque. La collection comprend des œuvres de Donato Creti, Lucia Casalini Torelli, Vandi, Zanotti, Keeble, Crescimbeni, ainsi que le buste en marbre d'Eustachio Manfredi, sculpté par le célèbre anatomiste Ercole Lelli.
MUSÉE ALDROVANDIANO : le musée ne conserve qu'une petite partie du grand patrimoine de la collection que le célèbre naturaliste Ulisse Aldrovandi (1522-1605), professeur de philosophie naturelle à l'Université et fondateur du Jardin botanique, a légué au Sénat après sa mort en 1603. Le noyau aldrovandien, initialement placé dans le palais municipal avec la collection naturaliste de Ferdinando Cospi, fut transféré en 1913 à la bibliothèque du palais Poggi, après la fondation de l'Institut des sciences qui s'était occupé de sa reconstitution en 1907. Appauvri par les spoliations napoléoniennes, il fut redistribué dans les différents établissements universitaires. Les magnifiques tableaux à l'aquarelle qui accompagnent les volumes de l'« Histoire naturelle », où Aldrovandi décrivit des plantes et des animaux avec une approche scientifique innovante, basée sur la recherche et accompagnée d'images, sont exposés dans des vitrines du XVIIIe siècle. Dans la collection, vous pourrez admirer des minéraux, des fossiles, des animaux séchés ou empaillés, la célèbre « Ranina Aldrovandi », des préparations d'origine végétale ou animale. Les matériaux des collections comprennent également la correspondance et les œuvres du naturaliste illustrées par une collection de tablettes xylographiques, un riche herbier en seize volumes, quatre portraits, dont l'un de Palagi, et un portrait en mosaïque de Benoît XIV.

MUSÉE MARSILIANO : l'aménagement du musée dans les salles de la bibliothèque universitaire remonte à 1930, à l'occasion de la célébration des 200 ans de la mort de Luigi Ferdinando Marsili, général et homme de culture encyclopédique à qui l'on doit, en 1711, la naissance de l'Institut des sciences de Bologne, inauguré au palais Poggi en 1714. Marsili marque avec son travail un moment innovant dans la vie intellectuelle de la ville et dans l'intérêt pour le monde antique. Alors que les découvertes archéologiques provenant des collections de Marsiglia sont conservées au Musée archéologique municipal, le musée de Marsiglia est divisé en deux salles du palais et se compose principalement de documents papier. Ici apparaissent les manuscrits et les œuvres imprimées qui documentent les études de Marsili de l'antiquité classique à l'art militaire, de la géographie à l'ethnologie jusqu'aux sciences naturelles. On peut également voir des modèles en bois de fortifications, ainsi que des reproductions en bronze de canons et de mortiers provenant des salles d'architecture militaire de l'Institut des sciences, d'où proviennent également des cartes géographiques, des manuscrits et des dessins.
MUSÉE DES NAVIRES ET DES ANCIENNES CARTES GÉOGRAPHIQUES : La formation du musée, situé à l'intérieur du Palais Poggi, à côté des autres collections du Rectorat de l'Université, est liée à la Chambre de géographie et de nautisme créée en 1724 dans le cadre de l'Institut des sciences. Il y a dix modèles très rares de quelques bateaux, galions, navires de guerre datant du XVIe siècle au XVIIIe siècle, parmi lesquels Le Royal Louis, Le Bien Aim (1771) et Le Vainqueur. Une partie du musée expose des planches gravées sur cuivre de grande valeur du XVIIe siècle, publiées à Bologne, Paris, Marseille, Amsterdam et en Angleterre.

SPECOLA ET MUSÉE D'ASTRONOMIE : déjà en 1702, le général Marsili s'était adressé à Eustachio Manfredi pour la construction du bâtiment de la Specola du Palazzo Poggi, la structure qui abrite le musée, divisé en trois environnements différents, à partir de 1979. La tourelle, ou salle des huit fenêtres, a été spécialement conçue pour l'utilisation d'instruments extraméridiens et de longs télescopes. Elle fut conçue en 1712 par G. A. Torri et achevée en 1725 par C. F. Dotti, et fut construite en rotation par rapport au bâtiment et avec les quatre faces orientées vers les points cardinaux. L'ouverture dans la voûte, en revanche, a été insérée spécifiquement pour l'observation du zénith. En plus des précieux instruments de Sisson, montés en 1741, de nombreux instruments nautiques, arpenteurs et géodésiques sont exposés, ainsi qu'un télescope à tubes rigides et long de huit mètres du Campani, peut-être le seul encore existant de ce genre. La ligne méridienne en laiton et marbre d'Ercole Lelli (1741) et la méridienne filaire de 1726 sont d'un intérêt considérable. Une autre salle conserve quelques astrolabes et de précieuses cartes imprimées à Pékin au début du XVIIe siècle par les pères jésuites.

MUSÉE OBSTÉTRIQUE « G. A. GALLI » : créé en 1757 à l'initiative de Benoît XIV, qui avait acheté le cabinet scientifique du célèbre chirurgien Giovanni Antonio Galli (1708-1782), il se trouve à l'intérieur du Palazzo Poggi. Il s'agit de la reconstruction d'un laboratoire expérimental, très en avance sur son temps, qui atteste du haut niveau de l'obstétrique du XVIIIe siècle grâce à des planches anatomiques, des modèles en argile, en bois et en cire, et des instruments chirurgicaux.

MUSÉE INDIEN : situé à côté des autres collections du Rectorat de l'Université, le musée abrite la collection de « cloisons », de porcelaines chinoises, d'armes et de tissus, de petits bronzes, de vases et d'assiettes indiennes en métal, ainsi que de plusieurs manuscrits. Toutes les découvertes et objets de différents types recueillis par Francesco Pullè (1850-1934), scientifique et patriote, en Inde en 1902.