O Herbário é o guardião de um impressionante património herbário de grande valor científico. Nascido durante o século XIX, mostra os herbários recolhidos a partir do século XVI. A não perder são o Hortus siccus florae italicae, iniciado em 1816, e o Hortus siccus exoticus, criado entre 1820 e 1830 por Antonio Bertoloni (1775-1869), professor de Botânica e Prefeito do Jardim Botânico de 1816 a 1868. O Museu Botânico está encerrado numa pequena sala de dimensões modestas, cujas oito vitrinas acolhem alguns artefactos pertencentes às coleções mais relevantes do referido Herbário: duas têm o nome do Jardim Botânico, quatro contêm amostras de coleções de herbários históricos e duas mostram explicações rápidas sobre o herbário e a sua função. O itinerário do museu é completado por uma série de painéis que acompanham o visitante na exploração da história desta instituição conservadora, fornecendo algumas notas essenciais sobre a transformação da iconografia botânica ao longo do tempo.