L'Herbier est le gardien d'un imposant patrimoine herbier d'une grande valeur scientifique. Né au XIXe siècle, il présente les herbes récoltées à partir du XVIe siècle. Ne manquez pas l'Hortus siccus florae italicae, commencé en 1816, et l'Hortus siccus exoticus, créé entre 1820 et 1830 par Antonio Bertoloni (1775-1869), professeur de botanique et préfet du jardin botanique de 1816 à 1868. Le Musée botanique est enfermé dans une petite pièce de taille modeste dont les huit vitrines accueillent quelques pièces appartenant aux collections les plus importantes de l'herbier susmentionné : deux sont intitulées Jardin botanique, quatre contiennent des échantillons de collections d'herbiers historiques et deux montrent des explications rapides sur l'herbier et sa fonction. L'itinéraire du musée est complété par une série de panneaux qui accompagnent le visiteur dans l'exploration de l'histoire de cette institution de conservation, en fournissant quelques informations essentielles sur la transformation de l'iconographie botanique au fil du temps.