Le musée fait partie du complexe monumental fondé par l'ordre des Dominicains vers le milieu du XIIIe siècle, qui comprend la basilique Santa Maria Novella et le couvent attenant.

La visite de la basilique passe par les chapelles, la sacristie et le cimetière des Avelli, tandis que le musée comprend l'accès au Cloître des Morts, au Cloître Vert, à la Chapelle des Espagnols, au Grand Cloître du XIVe siècle, à la Chapelle de la famille Ubriachi et au Réfectoire avec l'exposition des vêtements sacrés.

L'ensemble du complexe conserve des chefs-d'œuvre inestimables attribuables à différentes cultures, de la culture gothique à la Renaissance jusqu'à la culture maniériste.

Les fresques peintes par Paolo Uccello dans le Cloître vert sont incontournables : Péché originel et Déluge universel , exemple singulier du début de la Renaissance florentine, dans la version excentrique proposée par le maître : un monde féerique dans lequel une recherche obsessionnelle sur le thème de la perspective est évidente, comme nous le raconte Vasari dans les Vies des artistes : « ... parce qu'il était doué d'un ingéniosité sophistiquée, il s'est toujours plu à enquêter sur des œuvres fatigantes et étranges dans l'art de la perspective... »

Un couloir relie le cloître vert au petit cloître des morts, dont la fonction funéraire est évoquée par les décorations en fresque des chapelles funéraires et par des pierres tombales datant de différentes époques.

On passe ensuite à la salle de l'ancien chapitre, connue sous le nom de Cappellone degli Spagnoli, décorée de fresques par Andrea di Bonaiuto entre 1365 et 1367 , le cycle aborde le thème de la mission de l'ordre dominicain dans l'Église pour diffuser la doctrine du sacrifice divin et l'engagement dans la lutte contre les hérésies , on y trouve également la Passion, la mort et la résurrection du Christ et les événements de la Vie de Saint Pierre de Vérone, un dominicain bien connu qui a également travaillé à Florence. D'un point de vue de la composition, les scènes sont plutôt schématiques mais animées par des couleurs vives qui s'adaptent bien à leur caractère choral.

Ne manquez pas le Grand Cloître, décoré de fresques entre 1570 et 1590 par un groupe de peintres de l'Académie florentine, dont Santi di Tito, Cigoli et Alessandro Allori, avec un cycle illustrant les Histoires de la vie de Saint Dominique, un excellent exemple de peinture de la Contre-Réforme.

La phase de transition entre la Renaissance et le maniérisme apparaît dans la chapelle du pape, construite pour célébrer l'entrée à Florence du pape Léon X de Médicis, le 30 novembre 1515.
La décoration en fresque fut confiée à Ridolfo del Ghirlandaio qui peignit le Couronnement de la Vierge. Par la suite, Jacopo Carucci dit Pontormo intervint, qui peignit les figures des Putti sur la voûte et, la Véronique, dans la lunette sur le mur d‘entrée, laissant dans la chapelle un exemple très raffiné de la peinture florentine du XVIe siècle et une interprétation magistrale des modèles de Michel-Ange. CC