Le duché de Bénévent absorba après 560 le Gargano, où le culte de l'archange Michel s'était imposé depuis le Ve siècle, sympathique aux Lombards qui reconnaissaient en lui les caractéristiques du païen Wodan, dieu de la guerre, protecteur des héros et des combattants. À partir du VIIe siècle, le lieu est devenu le sanctuaire national des Lombards et les souverains ont entrepris des travaux de rénovation pour faciliter l'accès à la grotte primitive et l'hébergement des pèlerins.

Du milieu du VIIe au VIIIe siècle, le sanctuaire, constitué de la grotte et de la nef dite angevine, fit l'objet d'importants travaux commandés par les ducs lombards : un nouvel escalier fut construit, menant à l'autel des empreintes et atteignant la passerelle de la grande basilique, la grotte actuelle, à laquelle fut ajouté un nouvel escalier monumental partant de l'ancienne entrée. En même temps, l'escalier monumental fut relié à une galerie d'environ 40 mètres de long, qui devait remplir la fonction d'abri temporaire pour les pèlerins.
À l'intérieur du sanctuaire, les musées TECUM (TEsori del CUlto Micaelico) comprennent la galerie dite lombarde, qui abrite le musée lapidaire et conserve plus de 200 œuvres sculpturales datant du IVe au XVe-XVIe siècle.
Les environnements des « cryptes lombardes » ont été mis au jour à la suite des fouilles des années 1949-1955 et constituaient le noyau primitif de l'œuvre de l'homme autour de la grotte naturelle. D'une longueur d'environ 60 mètres, les cryptes se développent sous le sol de la grotte et du couloir d'accès à celle-ci.

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