C'est pour cette église que Raphaël avait peint la Madone Sixtine, une œuvre considérée comme cruciale dans la peinture Renaissance qui est encore visible ici – mais dans une copie du XVIIIe siècle – au maître-autel , la Madone originale avait été vendue par les moines bénédictins à un souverain polonais, et est aujourd'hui exposée à Dresde.
L'aspect actuel du complexe est le résultat des interventions du XVe siècle d'influence Renaissance, réalisées au cours de la reconstruction d'un monastère qui avait été fondé par l'impératrice Engelberge au IXe siècle. Une cour remarquable à portiques, presque un cloître, précède la façade et son portail massif du début du XVIIe siècle. Mais les surprises ne sont pas finies, car vous entrez dans un premier transept qui possède à droite et à gauche deux temples inhabituels en croix grecque, et au fond des nefs, vous découvrirez, entre fresques et décorations, un deuxième transept sous une tour-lanterne avec loggia, un chœur en bois du XVIe siècle magnifiquement sculpté et incrusté d'architectures et de natures mortes et, bien sûr, l'emplacement d'origine de la Madone Sixtine. Dans le deuxième transept se distingue le mausolée de Marguerite d'Autriche, la duchesse de Plaisance que nous pourrions appeler la « mère » du palais Farnèse. Ne manquez pas la crypte, probablement du haut Moyen Âge, où l'on descend par un escalier en hélice.