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Es ist die Kirche, für die Raffael die Sixtinische Madonna gemalt hatte, ein Werk, das in der Renaissance-Malerei als entscheidend angesehen wird und das hier noch am Hauptaltar zu sehen ist – wenngleich in einer Kopie aus dem 18. Jahrhundert: Die ursprüngliche Madonna wurde von den Benediktinermönchen an einen polnischen Herrscher verkauft und befindet sich heute in Dresden.

Das heutige Aussehen des Komplexes ist auf Eingriffe im 15. und 16. Jahrhundert mit Renaissance-Einflüssen zurückzuführen, die dem Wiederaufbau des Klosters dienten, das von Kaiserin Angilberga im 9. Jahrhundert gegründet worden war. Vor der Fassade mit ihrem massiven Portal aus dem frühen 17. Jahrhundert befindet sich ein bemerkenswerter Arkadenhof, beinahe ein Kreuzgang. Aber noch nicht genug der Überraschungen: Man betritt ein erstes Querschiff, das rechts und links zwei ungewöhnliche Tempel mit griechischem Kreuz aufweist, am Ende der Seitenschiffe entdeckt man inmitten von Fresken und Dekorationen ein zweites Querschiff unter einem Tiburium mit einer Loggia, einem wunderschön geschnitzten und mit Architektur und Stillleben verzierten Holzchor aus dem 16. Jahrhundert sowie natürlich den ursprünglichen Standort der Sixtinischen Madonna. Im zweiten Querschiff sticht das Mausoleum von Margarete von Österreich hervor, der Herzogin von Piacenza, die als „Mutter“ des Palazzo Farnese betrachtet werden kann. Dazu gibt es natürlich auch eine Krypta, wahrscheinlich aus dem Hochmittelalter, zu der man über eine Wendeltreppe hinabsteigt.