O Museu está situado no antigo convento de São Tiago, que remonta ao século XIII. As suas quatro secções (arqueológica, numismática, histórico-artística e arte contemporânea) estão dispostas ao longo de um percurso circular em redor do claustro.
No interior, há uma coleção de obras de considerável importância histórico-artística, todas provenientes do território do Município.
Entre elas, destacam-se os Bronzes Dourados, o único grupo de bronze dourado que chegou até nós da era romana, encontrados por acaso em 1946 por dois agricultores em Cartoceto di Pergola, podem ser datados entre o século I a.C. e o século I d.C.
A secção numismática também reúne 238 moedas, doadas ao Município de Pergola por Don Giovanni Carboni em 1971. Por fim, a secção histórico-artística alberga uma série de obras que vão desde pinturas, esculturas, mobiliário de madeira, gravuras e desenhos, que remontam aos séculos XIV e XVIII.