Le musée est situé dans l'ancien couvent de San Giacomo qui remonte au XIIIe siècle. Ses quatre sections (archéologique, numismatique, historico-artistique et d'art contemporain) sont disposées le long d'un parcours circulaire autour du cloître.
À l'intérieur, il y a une collection d'œuvres d'une grande importance historique et artistique, toutes provenant du territoire de la municipalité.
Parmi ceux-ci, les bronzes dorés se distinguent, seul groupe de bronze doré qui nous est parvenu de l'époque romaine , retrouvés par hasard en 1946 par deux paysans à Cartoceto di Pergola, ils peuvent être datés entre le Ier siècle av. J.-C. et le Ier siècle apr. J.-C.
La section numismatique recueille également 238 pièces de monnaie, données à la municipalité de Pergola par don Giovanni Carboni en 1971. Enfin, la section historique et artistique abrite une série d'œuvres allant des peintures aux sculptures, en passant par le mobilier en bois, les estampes et les dessins, datant du XIVe au XVIIIe siècle.