A partir do final do século VII a.C., Metaponto tornou-se a sede de uma das mais importantes colónias gregas do sul de Itália. O Museu em questão reconstrói o quadro arqueológico do território metapontino, desde a Pré-história até ao final da Antiguidade, articulando-o em várias secções que contam: as formas iniciais de povoamento pelos Enotri-Choni durante a Idade Média do Bronze e a Idade do Ferro, a chegada dos gregos da Acaia (região do norte do Peloponeso) a partir do século VII a.C., a criação da colónia com a ocupação do território e o desenvolvimento da cidade, a mudança em curso nos centros itálicos do interior entre os séculos VI e IV a.C. e o período da conquista romana e o abandono gradual de Metaponto.